El Abogado Efraín Moncada Silva, que fue asesor del derrocado gobierno, argumenta que los militares no estaban facultados para capturar al presidente Zelaya:

Conforme el Art. 306 de la Constitución los órganos jurisdiccionales, requerirán en caso necesario, el auxilio de la fuerza pública para el cumplimiento de sus resoluciones. Aún suponiendo, sin estar comprobado, que hubiese mediado la comisión de delito alguno, correspondía a la Policía Nacional ejecutar las resoluciones del Poder Judicial y no a las Fuerzas Armadas que conforme el Art. 274 de la propia Constitución no tiene ninguna competencia relacionada con la ejecución de resoluciones, disposiciones, mandatos y decisiones legales de las autoridades y funcionarios públicos, especialmente del Poder Judicial, porque sus atribuciones están determinadas expresamente en dicho Art. 274. De tal manera que en la aprehensión violenta del Presidente de la República, se consumaron, sin lugar a dudas, varios delitos que tarde o temprano tendrán que determinarse.

Las acciones contra el presidente eran de orden penal, por lo que le correspondía capturarlo la policía, y no de orden constitucional. Ixcuic, del blog Xibalbá así lo explica:

Nótese que el procedimiento que las autoridades fiscales y judiciales abrieron a Zelaya es de carácter penal (que lleva intrínseco el debido proceso y no prácticas de destierro) y mucho menos se cita el artículo que Sánchez arguye [el 239]. Lo que procedía era ponerlo a las ordenes del poder judicial.