La referencia más antigua con relación al sitio que hoy ocupa Tegucigalpa data del año 1578, siendo el 29 de septiembre el día del santo patrón San Miguel Arcángel, bajo cuya protección se fundó el primer poblado denominado Tegucigalpa, formado por asentamientos de buscadores y explotadores de oro, quienes instalaron sus ranchos junto a indígenas dueños del lugar conocido como Real Minas de Tegucigalpa.

Con fecha 22 de junio de 1579, el Gobernador de Guatemala, licenciado García de Valverde expidió título de Alcalde Mayor de Real Minas de Tegucigalpa, al señor Juan de la Cueva, quien tomó posesión el 17 de agosto del mismo año.

Según el primer censo levantado en el 1743, muestra que Real de Minas de Tegucigalpa contaba con 100 vecinos conformados por españoles y criollos, 800 negros y mulatos, y 54 indios.

Comayagüela en esa época pertenecía a la parroquia de Tegucigalpa, dejando de pertenecer hasta el año 1893.

Tegucigalpa adquirió título de villa el 18 de junio de 1762, por medio del auto que proveyó don Alonso Fernández de Heredia, Presidente y Gobernador del Reino, fechado en Guatemala con el nombre de San Miguel Tegucigalpa de Heredia.

Tegucigalpa obtuvo el título de ciudad el 11 de diciembre de 1821 por disposición de la Junta Consultiva de Guatemala, sin embargo la Primera Asamblea Constituyente del Estado de Honduras instalada en Cedros el 30 de agosto de 1824 la declaró capital alternativa con la ciudad de Comayagua.

Finalmente le tocó al Presidente Marco Aurelio Soto trasladar en definitiva capital de Comayagua a Tegucigalpa el 20 de octubre de 1880.