Morazán nació en la ciudad de Tegucigalpa, el 3 de octubre de 1792. Fueron sus padres don Eusebio Morazán y doña Guadalupe Quezada de Morazán.

Francisco Morazán no fue alumno de academia militar alguna, ni estuvo en servicio activo en ningún cuartel para prepararse en el arte de la guerra. Su admirable estrategia militar fue innata, cultivada en el momento trágico, exigido en defensa de la Libertad y de la Justicia de los pueblos centroamericanos.

Morazán comenzó a figurar en la vida pública centroamericana el 28 de septiembre de 1821, que llegaron a Tegucigalpa los Pliegos de la Independencia, y se dio a conocer a los habitantes de la Villa, el contenido de los oficios que se denominaron: “Los Pliegos”, que no eran más que el acta de separación que el Reino de Guatemala hizo de la Madre España, el 15 de ese mismo mes y, el manifiesto que, sobre el particular emitió el capitán general del reino don Gabino Gaínza.

Durante la jefatura del Estado ejercida por el licenciado don Dionisio de Herrera, el general Francisco Morazán fue nombrado secretario; en dicho opuesto, dio a conocer su talento y valor militar en la defensa del sitio de Comayagua del 7 de abril al 9 de mayo de 1827, y se definió como estratega, librando la batalla de La Trinidad, el 11 de noviembre del mismo año, en la que obtuvo triunfo contra las autoridades centroamericanas arbitrarias, representadas en Honduras por el coronel Justo Milla.

Morazán, en su calidad de Jefe de Estado de Honduras, regresó a pacificar el país. Logrado su objetivo pacifista, Morazán se dedicó a organizar su Ejército Aliado Protector de la Ley.

Convocado el pueblo a elecciones para elegir presidente Federal, entraron en contienda eleccionaria don José Cecilio del Valle y el general Francisco Morazán. El Congreso Centroamericano hizo el escrutinio de votos y, no teniendo ninguno de los contendientes mayoría, declaró electo al general Francisco Morazán para el período 1830-1834. Morazán tomó posesión de su elevado cargo el 16 de septiembre del año de su elección.

En el primer período de gobierno centroamericano de Francisco Morazán, dedicó sus energías y entusiasmos a hacer efectivos en Centro América, los principios democráticos; se reglamentó la instrucción pública, se estableció la Academia de Estudio, se organizó el ejército, se estimuló la función de la Universidad de San Carlos, del Colegio de Abogados y del Protomedicato, se protegió a las industrias y se organizó el organizó el servicio diplomático. Durante este primer período de gobierno federal tuvo que librar en territorio salvadoreño y contra sus respectivos jefes de Estado (José María Cornejo y Joaquín San Martín).

Próximo el período para elegir nuevo presidente Federal, entraron en contienda eleccionaria don José Cecilio del Valle y el general Morazán. Por elección popular resultó favorecido Valle, más no ocupó tan delicado cargo porque falleció el 2 de marzo de 1834. El Congreso Federal, con motivo de la muerte de Valle, convocó al pueblo centroamericano a elecciones, resultando electo, por segunda vez, para el cargo de Presidente Federal, el general don Francisco Morazán, quien tomó posesión el 14 de febrero de 1835.

Se presentó ante Morazán don José de Aycinena, del Partido Conservador, para excitarle a que asumiera la DICTADURA, dada la gravedad de los actos cometidos por Rafael Carrera. El general Morazán contestó con indignación al proponente que: “no podía dar aquel paso por estar en pugna con los principios democráticos que él profesaba”. Fracasado Aycinena en su oferta al general Morazán, tocó el turno a don Manuel Francisco Pavón, quien recibió por respuesta: “que se sometía a la suerte que combatiendo por todas partes tal vez sucumbiría; pero sucumbiría con honor”. Por tercera vez don Mariano Rivera Paz, en su función de presidente del Estado y Juan José Aycinena, conferenciaron con el general Morazán, tratando de convencerle de la conveniencia de hacerle dictador. Sus gestiones no tuvieron resultado favorable. Agotadas las gestiones hechas por los políticos, los jefes de gobierno y jefes de la nobleza, ante el general Morazán, por que se decidiere por la dictadura; las damas de la aristocracia intervinieron halagando la vanidad del presidente Federal.

No logrando la nobleza y el clero de Guatemala quebrantar la moral del general Morazán por medio de la ambición de mando para que violara los principios democráticos, dispusieron prestar  su mayor apoyo a Rafael Carrera; para estimular al máximo su ambición de gloria y, por lo tanto, su esfuerzo de suprimir del escenario centroamericano al general Morazán. Mas, como el medio en todo efectivo para lograr dicha supresión era el de la emboscada, para el asesinato, pusieron en ejecución sus proyectos en el lugar denominado “El Guapinol”, siendo la víctima del disparo, el licenciado Juan E. Milla, joven hondureño, recién nombrado secretario privado de Morazán, quien marchaba al lado de su jefe.

Un segundo atentado ocurrió en la hacienda de Arrazola. Se le preparó debidamente una habitación de la casa, comunicada con otro cuarto en donde se encontraban varios individuos armados, con órdenes severas de suprimir de la vida al valioso centroamericano. A la hora de cometer su crimen, los asesinos se acobardaron y con la mayor prudencia huyeron para no ser descubiertos.

Morazán tomó posesión por segunda vez del cargo de presidente Federal el 14 de febrero de 1835. Su función, como tal, terminó al ser emitido el decreto del 30 de mayo de 1838 por el Congreso Federal, reunido en San Salvador.

En la madrugada del 16 de septiembre de 1839, un grupo de facciosos enviaron de inmediato una comisión a solicitar del jefe de Estado el depósito del gobierno en don Antonio J. Cañas, conminándole a que, si no accedía, su familia sería pasada a cuchillo. Morazán, una vez que reflexionó, dijo a los comisionados: “Los seres que mis enemigos tienen en su poder, son para mí sagrados y hablan vehementemente a mi corazón, pero soy el jefe de Estado y, mi deber es atacar; pasaré sobre los cadáveres de mis hijos, haré escarmentar a mis enemigos, y no sobreviviré un solo instante más a tan escandaloso atentado.”

Morazán marchó tras los comisionados hacia la capital. Reforzó su tropa con los ciudadanos fieles a su gobierno; tomó la plaza y rescató a su familia sin haber recibido ésta el menor daño.

Al amanecer del 25 de septiembre, Morazán, a la cabeza de 500 salvadoreños, atacó a las fuerzas aliadas, derrotándolas en dura lucha. El jefe invasor huyó herido, dejando abandonado todo lo que le acompañaba.

El 8 de abril de 1840, en el puerto de la Libertad, Morazán se embarcó en la goleta «Izalco». Desembarcó en playas panameñas. Se dirigió a la ciudad de David donde escribió su célebre MANIFIESTO AL PUEBLO CENTROAMERICANO.

Después de permanecer seis meses en David, marchó al Perú, llamado por el mariscal Gamarra, presidente de aquel país. A su ingreso le hizo varias ofertas, Morazán declinó todas ellas. Después de tres meses en la ciudad de Lima, Morazán recibió firmada el 22 de agosto, una proclama del Supremo Director del Estado de Nicaragua; en ella llamaba con urgencia a los centroamericanos a defender la soberanía de la nación, violada por los ingleses, ocupando el puerto de San Juan del Norte e imponiendo el reconocimiento del rey mosco, creado en territorio centroamericano por Inglaterra.

De acuerdo con el punto 2º del convenio de El Jocote, se convocó a una Asamblea Constituyente, la que el 10 de julio de 1842, eligió al general Morazán, Jefe Constitucional del Estado.

El 11 de septiembre de 1842, Florentino Alfaro se insurreccionó en Alajuela y marchó a San José a la cabeza de 350 hombres que estaban listos para enfrentarse al problema bélico que surgiera con Nicaragua. La familia de Morazán fue apresad en la calle, y conducida a la habitación de don José Antonio Pinto.

Morazán se dirigió a Cartago, en esta ciudad residía su amigo Pedro de Mayorga, en cuya casa se hospedó. La esposa de Mayorga informó a sus huéspedes de la acción repugnante de su esposo de haber ido a dar cuenta de la presencia de ellos en su casa, después de haberle recibido con las mayores atenciones. Minutos después Morazán, J. Miguel Saravia y Vicente Villaseñor eran reducidos a la prisión. A la sala de los prisioneros se presentó el oficial Daniel Orozco a manifestar que el ejército vencedor pedía se engrillara a los presos. Tal petición deprimió a J. Miguel Saravia que apeló a sus pistolas para suicidarse. Morazán se las quitó. Vicente Villaseñor se apuñaló en el costado izquierdo. Saravia tomó un veneno que conservaba en un anillo. Morazán se mantuvo sereno en la ruda prueba a la que le sometían sus enemigos. Solicitó no retiraran del lugar el cadáver de Saravia y se dedicó a atender a Villaseñor.

Por orden de J. Antonio Pinto, los prisioneros fueron trasladados a San José, al general Villaseñor se le condujo en hamaca. A Morazán se le permitió ir montado. Mas, al llegar al sitio de las Moras, el capitán Benavides ordenó se desmontara.

A la vista de tanta gente en actitud de recogimiento, Morazán dijo al señor Vijil: “Con qué solemnidad celebramos nuestra independencia”. Los prisioneros fueron alojados en el edificio de la Corte. En la capital josefina les condenaron sus enemigos a la pena capital.

Ningún tribunal se reunió para oir y juzgar a conciencia a los prisioneros. J. Antonio Pinto dispuso su ejecución. Tal disposición se les comunicó dos horas antes de cumplirse la orden. Morazán dictó a su hijo Francisco su testamento. Lo hizo con calma y lucidez de su inteligencia, actitudes propias de un hombre superior.

Morazán, antes de ir al patíbulo pidió se le permitiera dirigir una circular a los demás gobiernos centroamericanos, lo que no se le concedió.

Caminó con paso firme de la prisión al lugar en donde fue ejecutado. A Villaseñor le condujeron en una silla. Morazán le sentó en el banquito y le arregló el cabello diciéndole, al propio tiempo: “Querido amigo: la posteridad nos hará justicia”. Al despedirse de sus amigos legó sus restos a El Salvador y, les rogó los trasladasen a aquella tierra.

Morazán rogó al jefe de la columna que cumpliría la sentencia, le permitiera el mando del fuego. Concedida esta gracia, dijo a los tiradores: “Apuntad bien, hijos”. Luego, entreabriéndose la camisa, se quitó un relicario que entregó a don Mariano Montealegre, rogándole depositarlo en manos de su señora Josefa. Corrigió una puntería que observó mala y dijo: “Ahora bien… ¡Fuego!”. La descarga fue estrepitosa, confusa, por el humo de la pólvora se le vio levantada su cabeza y se le escuchó decir: “¡Estoy vivo!”… Una nueva descarga de fusilería cegó su vida.

La ejecución de Francisco Morazán y Vicente Villaseñor tuvo lugar a las 6 de la tarde del día 15 de septiembre de 1842, en el propio día del veintiún aniversario de la separación del Reino de Guatemala, colonia de España.